1、只重大局不重細節(jié)，缺乏保護意識，管理不到位。因為我國對于農(nóng)田水利的資金投入比較少，所以就出現(xiàn)了各地方只建設水利工程卻不進行日常管理和維護的現(xiàn)象，導致很多水利設施都存在問題，帶病運行。還有一些小型的水利設施已經(jīng)不能正常工作，這就造成了比較嚴重的農(nóng)業(yè)災害，使我國農(nóng)業(yè)發(fā)展受到嚴重的阻礙。在布局水利工程時，國家只重視大型水利工程的建設和管理，卻不重視小型農(nóng)田水利工程的建設，將大部分的資金和人力都集中到大型水利工程的建設和城市工業(yè)發(fā)展用水上。

　　因此，這幾年我國農(nóng)村和山村地區(qū)經(jīng)常發(fā)生嚴重的旱災和水災，這就是因為小型的農(nóng)田水利工程建設不足造成的。另外，作為“公共品”在建設農(nóng)田水利。程時要進行集體融資，但是自從取消了原有的農(nóng)村義務工體系和農(nóng)村勞動積累的制度以后，就出現(xiàn)了農(nóng)業(yè)投入的外部性。如果沒有得到適當?shù)膱蟪辏�農(nóng)民就不參與到水利工程的建設中來。這樣就造成了水利丁程主體的欠缺，使得農(nóng)田水利建設和管理現(xiàn)問題。

　　2、建設農(nóng)田水利的投入嚴重欠缺。自從我國改變了農(nóng)業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營體制以后，政府就只注重經(jīng)濟發(fā)展，卻不重視水利建設，在對農(nóng)業(yè)小型水利工程的建設上明顯出現(xiàn)投人降低的問題。近幾年，我國對農(nóng)村的稅費進行了全面的改革，這也大大降低了投資投勞的數(shù)量，使得我國小型水利建設進入低潮。另外，近幾年農(nóng)村大多數(shù)勞動力都轉移到城市，這樣就改變了農(nóng)村小型水利投勞結構的變化，使得水利工程建設嚴重缺乏勞動力。現(xiàn)在與現(xiàn)實需求相比農(nóng)田水利建設的投資量遠遠不足。地方各級政府、金融機構以及農(nóng)民等是農(nóng)田水利設施建設的主要投入主體。組織資源的投入者是地方政府，資金資源的投入者是金融機構，勞動力資源的投入者是農(nóng)民。這三個主體在農(nóng)田水利建設過程中缺一不可，但是現(xiàn)在地方政府由于農(nóng)田水利設施得到的短期效益不明顯，所以不愿意投入過多資金。因為農(nóng)業(yè)水利設施建設需要大量資金，而且風險較大，所以金融機構和民間資金不愿意將資金投入到這一領域來。而農(nóng)民自身就帶有一定的“理性小農(nóng)”意識，也不愿意投入過多的精力在公共設施上。

　　3、再建農(nóng)田水利工程的建設標準過低，現(xiàn)有工程老化問題嚴重。目前我國大部分水利工程都是在二十世紀的五六十年代建立的，這些水利工程大多數(shù)已經(jīng)不能發(fā)揮正常的功能，既不能防澇也不能滿足農(nóng)業(yè)灌溉的需要。此外，在我國加入世貿(mào)組織以后，很多外國商品大量涌人中國，這就造成農(nóng)民收入增長速度慢，使得農(nóng)民種田的積極性下降，建設水利工程的積極性也大大降低了。